角膜眼表科是医院乃至江苏省区特色专科，南京爱尔眼科医院院长王林农和爱尔眼科江苏省区角膜眼表病学组副组长、综合眼病科主任蒋勤花领衔。

科室拥有角膜眼表疾病诊疗设备，如角膜共聚焦显微镜、眼前节OCT、角膜生物力学测量仪、FS-200飞秒激光仪、角膜胶原交联仪、干眼综合分析仪、脉冲光干眼治疗仪、热脉动治疗仪等。常规开展各类飞秒激光角膜移植术（穿透性、深板层、角膜内皮）、角膜移植联合手术、羊膜移植术、眼表重建术、眼前节再造术、翼状胬肉切除联合自体结角膜缘干细胞移植术、翼状胬肉切除联合羊膜移植术等，开展角膜缘干细胞移植术（SLET）眼表重建、角膜胶原交联术治疗圆锥角膜、巩膜镜验配治疗角膜不规则散光等多种新技术。常规开展感染性角膜炎、过敏性结膜炎、圆锥角膜、边缘性角膜变性、角膜上皮病变、睑缘炎相关角结膜病（BKC）、眼部烧伤（化学伤）、眼外伤、眼表肿瘤等诊治。 同时设有特色干眼门诊，开展干眼分级诊疗，除药物治疗以外全面开展干眼熏蒸按摩、睑缘清洁、脉冲光、热脉动等物理治疗，主要针对眼干、眼涩、眼疲劳的成人及学龄儿童，通过“七步诊疗法”、国际化的诊疗技术和科学的慢病防控体系，为患者提供从预防、诊治到康复的个性化干眼诊疗方案。